A ver, EFI es Extensible Firmware Interface y abreviando diríamos que es una evolución de las BIOS (Basic Input Output System) que traen o traían los ordenadores. El asunto es que las EFI (o BIOS-UEFI que son un híbrido para no romper la retrocompatibilidad) pueden iniciar sistemas operativos desde un nuevo tipo de tabla de particiones más moderno y actualizado llamado GPT (GUID Partition Table), en contraposición con el MBR (Master Boot Record) que era el que utilizaban las BIOS.
Aclarados conceptos, a efectos prácticos limpiar un disco duro no es más complicado de una manera que de otra, el asunto es que no puedes hacerlo desde el propio sistema operativo en ejecución y tendrás que hacerlo desde un LiveCD. La manera más directa es que lo hagas desde el propio programa de instalación de Windows 8.1 si es lo que quieres instalar.
Para arrancar el DVD de instalación, vete al Panel de Control Metro > Uso General > Inicio avanzado y selecciona arrancar desde el CD/DVD. Luego en el programa de instalación, dentro de la instalación personalizada, cuando te pregunte dónde quieres instalar Windows puedes activar las opciones avanzadas y desde ahí borrar las particiones.