Si los cortas jodes el disipador permanentemente, dentro hay líquido, si quitas el sellado pierden su función. Dejar la caja abierta no da problemas, yo he tenido el pc antiguos años con la tapa abierta. Si aun asi no quieres dejarlo abierto, pues a tirar de dremel, puedes cortar un agujero, elevar la zona y poner una rejilla.