Google mediante los foros oficiales de netbeans me dice:
https://netbeans.org/projects/cnd/lists ... /message/5> Project Properties>>Run>>Console Type>>External Terminal
>
> Edit: If you want to run MinGW on the Standard Output or Internal Terminal,
> you have to install Cygwin for it to work.
Asi que te pregunto yo, ¿le has especificado que use MinGW?, tambien puede que te falte msys en el PATH