Si que debe de ser por algun problema,pero no sé por lo que puede ser,..la verdad..
Yo tengo justamente el mismo HD,misma capacidad,modelo,pero con 3 particiones...Tambien le he dado mucho uso y tal,pero no con jdownloader..Y a mi hasta ahora no me ha dado ningun fallo..ni ese que comentas ni ningun otro...y ya lo tengo desde hace alrededor de un año.