A ver, para borrar simplemente entra en el gestor de ficheros del XBMC (debe de poner "Ficheros" o algo así). Ahí te salen las carpetas de tu disco duro, y una de las opciones del menú contextual es "Ver el tamaño de la carpeta". Ve metiéndote en las carpetas grandes, y no te será difícil encontrar donde están esos juegos y podrás borrarlos desde este mismo gestor de ficheros. Para sacar el menú, creo que era apretando el botón blanco.
Una cosa importante: NO TOQUES NADA DEL DISCO C:
Tú graba y borra cosas en E: y F:, pero el C: es mejor que lo dejes para el sistema.
Para grabar juegos y emuladores que tienes en un pendrive, con el gestor de ficheros del XBMC puedes hacerlo. Si conectas el pendrive, te aparecerá como una unidad más, y podrás copiar cosas de él a la Xbox. Méte tus juegos en una carpeta nueva aparte, no los mezcles con otras cosas... e insisto, no los grabes en C:
Ten en cuenta que los pendrives están conectados en modo "sólo lectura", es decir, no podrás escribir ni borrar cosas del pendrive.
Una vez grabados en el disco duro de la Xbox, si quieres jugar a ellos, puedes ir a la carpeta donde estén con el gestor de ficheros, y ejecutar el "default.xbe" que tengan (con el botón verde del mando) y así empiezas a jugar. Más adelante, ya puedes hacer accesos directos y cosas así, pero para empezar, con eso tienes suficiente para jugar

De todas formas, como dicen los otros compañeros, a la larga tendrás que pensar una forma de conectar el PC y la consola. Lo del pendrive está bien para salir del paso, pero si vas a copiarle muchos emuladores y roms, te vas a tener que pegar muchos viajes de tu PC a la Xbox con el pendrive en la mano