Lo mas parecido que me ha pasado a mi fué cuando cloné por primera vez un disco duro que tenia,que decia romperse en otro nuevo..
Primero,cuando terminó todo el proceso..y arrancó el PC...este no reconocia directamente el disco nuevo,arrancando directamente desde el viejo,el otro aparecia como sin designar..quizás porque coincidian las letras de las particiones,por lo del clonado.
Apagué el pc y elegi que se pusiera en marcha desde el disco nuevo clonado,en bios se podia hacer esto...entonces si que arrancó,aunque me dió una especie de aviso de error al salir,pero funcionaba...estando los dos discos funcionando.
Me dió por hacer una prueba,consistia en soltar el hd viejo y dejar solo el nuevo...Sorpresa...me pasaba lo mismo que a ti...parecia que el error que se decia era que se estropeaba el arranque del disco nuevo,por tener tambien puesto el viejo y que ademas eran iguales..con el SO exacto y particiones.
Le volvi a hacer el clonado del viejo al nuevo,ya que ese viejo no estaba afectado por problemas de arranque...cuando terminó...desconecté el viejo y dejé solo el nuevo..y ya iba perfecto en todo y asi sigue a dia de hoy.
El viejo de todas maneras era para quitarlo,por si rompia del todo y me echaba a perder todo lo que tenia alli.