1º Si el PCIe_2 al que te refieres no es el negro, funcionara a x8 3.0 (2.0 si la grafica no es 3.0). El rendimiento, si no es una grafica dual o tope gama, no suele bajar.
2º, el PCIe 4x lo puedes usar para pinchar tarjetas PCIe 1x tambien, por si no lo sabias.