Hablemos con propiedad, tu te refieres a que tu placa es pci-e 1.0, y la grafica pci-e 3.0. En el 90% de estos casos no hay problema, el 9% necesita una actualizacioón de BIOS, y en el 1% restante si que hay incompatibilidad, sobre todo debida a que la placa es muy antigua (como las amd 939), y no hay actuqalización de BIOS posible. En tu caso no creo que tengas problemas. Evita comprar sapphire, que ultimamente salen ranas, compra gigabyte, asus, o msi.
Tu placa base tiene pcie x16 y ésa gráfica es pcie x16, no veo dónde está el problema.
No se trata por el número de lineas del puerto, sino por la versión del puerto, que además influye en la velocidad de cada linea. Eso podria provocar un cuello de botella en el puerto, pero no en su caso, ocurriria si pusiera una grafica mucho mas potente.
