Depende del modelo de la placa base y en qué conexión hayas puesto los ventiladores.
Normalmente, si la placa es básica, sólo controlaras por bios la conexión "CPU_FAN". Si la placa es buenecilla, quizá también "CHASIS_FAN", aunque no es lo habitual. Pero por normal general "POWER_FAN" (o "SYSTEM_FAN") que es la destinada a la fuente de alimentación siempre va a 12v, por tanto al tope del ventilador.
Dependiendo de tu caso, puedes regular por software, o por hardware comprando un rehobus o incluso comprando ventiladores con velocidades máximas de 1200 rpm.
Saludos!