Por este orden...
1º HDMI. El envío de la señal es digital, y como bien te ha indicado
arañanegra el audio 'viaja' con la misma señal de video digital, lo que reduce la posibilidad de que tengas desfases entre la imagen y el audio...
2º DVI. También es digital, y si bien en alguna de sus normas permite enviar señal de audio dentro de la misma señal de video, en algunos equipos no te da esa opción, por o que puedes tener problemas de desfase entre audio y video (bueno, yo los he visto. Son mínimos, del orden de 1 - 1/2 frame como mucho pero los hay puristas que se rayan mogollón con esto del desfase...
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)
3º VGA Esta debe de ser tu última opción ya que la señal es analóguica, y por ello más sensible a alteraciones como interferencias externas (radio, cables de corriente, motores eléctricos, etc.). Suele ser una opción para monitores/pantallas con resoluciones no estándar de video, como 1024x768, 128x1024, 1400x900, etc.