Efectivamente si lo tienes como servicio no vale de nada abrirlo desde el icono pq el puerto esta en uso y ya no saldra mas que la cruz roja enorme.
Ademas, si quieres hacer algun cambio en la configuracion lo que tendras que hacer es parar el servicio, luego arrancar el PS3MS desde el icono, hacer los cambios, cerrar y volver a levantar el servicio, al menos antes era asi, no se si lo habran arreglado, pero en aquel momento me volvi loco para configurar los subtitulos pq no se me aplicaban los cambios y era por eso.
Ademas para instalarlo como servicio hay que arrancarlo como administrador y darle al boton que esta en la tercera pestaña, en algun momento le debiste dar, creo que por defecto no lo hace.
Para los mkv, si tienes un ordenador portente, puedes cambiar la configuracion de la calidad de video y ponerla mas baja, asi el mkv quedara "comprimido", se necesitara menos ancho de banda y no te ira a tirones, todo esto para Mkv a 720, los de 1080 por Wifi G ni de coña, con Wifi N si que van.
Un saludo