La direferencia entre PCIe 2.0 y 3.0 es infima y no se nota, por lo menos en socket 1155. Se nota algo (de un 1-3%) en socket 2011 con configuraciones multi-gpu avanzadas (Tri-SLI, etc)
Es decir, no os preocupeis por que sean 3.0, en la practica, no hay diferencia.
Sobre una tarjeta y otra, la 660Ti de cabeza, es una diferencia notable que merece la pena. Una 660Ti esta a la altura de una 7950 (algo mas potente, pero poco) y en cambio una 660 esta entre una 7850 y una 7870, en medio.