Quizás la pregunta no estaba bien planteada, porque no es sólo el protocolo, que en realidad es lo de menos.
La pregunta es más bien el software (y con que protocolo funciona) que permita hacer las cosas que quiero.
A ver, el Teracopy va bien en el sentido de que puedes poner varias cosas en cola, y si hay un error de conexión sigue insistiendo en lugar de interrumpir la operación, conservando la parte copiada del fichero que se quedó a medias.
Lo que echo en falta es que puedas pausar la copia del fichero, salir del programa, y que cuando vuelva a entrar (supuestamente después de haber apagado el pc) siga por donde iba, en el fichero en que se quedó, y si por ejemplo se quedó al 38% de ese fichero pues que continúe por ahí. En el teracopy si pausas y sales del programa te obliga a cancelar TODO. Y tampoco estaría de más que si pongo varias cosas a copiar, que no vayan todas a la misma carpeta.
Resumiendo, que lo que busco es una especie de JDownloader para copiar ficheros por red local. El tema es que dos PCs están conectados a la red por wifi, y obtienen tasas de transferencia bastante penosas, de entre 300-400 kBps.