Imagino que mejorara la refrigeracion de la cpu, si ambos ventiladores, mueven el flujo de aire en el mismo sentido. La unica pega es que te entre algo mas de polvo al interior de la caja y el ruido que pueda provocar.
Ahora tal vez no notes la diferencia, puesto que probablemente la temperatura ambiente, sea casi la misma de la cpu, si quieres comprobar su efectividad, instalate algun programa parecido al everest o aida64... fuerza durante unos minutos la cpu al 100%, con y sin ventilador adicional... y así veras la diferencia.
Saludos.