Bueno, FLV, MP4, MKV, AVI, MPG son archivos contenedores de video.
DivX/XviD, h264, VP8, mpeg-2 entre otros son formatos de video.
Si bajaste el archivo desde youtube u otro similar en general el video vendra en formato h264 y el audio en formato AAC, ahi podrias usar MEDIACODER version 0.6.2 para pasar el audio y el video desde el contenedor FLV a un contenedor MP4, con esto no recodificas ni cambias la calidad del audio y video.
en mediacoder 0.6.2, arrastras el archivo FLV a la ventana de mediacoder, pestaña VIDEO marcas la casilla COPY y eliges como contenedor el MP4, pestaña AUDIO marcas la casilla COPY, pulsas el boton START y mediacoder copiara el audio y video a un archivo MP4 que estara en la misma carpeta del FLV.