Lo que te moleste pues tendras que apretar o entra o entra. Yo en mi torre tengo algun cable casi justo donde la gráfica y la encaje.
Para el ventilador ese con el cable corto, o lo quitas o buscas un prolongador.
Las tapas traseras pues si es una gráfica buena seguramente ocupe "2 tapas traseras", también implica que al ocupar 2 también quede tapando el slot justo debajo, y si miras la tarjeta esta tendrá 2 salientes, que tienen que coincidir con los 2 huecos al fondo, de las 2 tapas que has quitado.