A mi me paso algo parecido usando Chrome, y al final me toco volver a pedir el certificado pero usando Firefox.
Si la primera vez no se te ha descargado bien, las veces posteriores que lo intentes no te va a ir (si no recuerdo mal, cuando pides el certificado por la web, se baja tu clave privada, y si esta no se ha instalado correctamente, aparte de haberla perdido para siempre, no se instalara el certificado publico que estas intentando instalar ahora).
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