Parece que hayas hecho un enlace duro (hard link), algo raro si usas Windows. ¿Qué SO usas?
Por probar, haz un directorio nuevo y mueve ahí todos los archivos contenidos en esos directorios "duplicados", deberían borrarse de ambas, y borra después esos directorios duplicados.
Edito: vale, no parece un enlace duro, al eliminar uno debería quedar el otro. Pues ni idea de qué será ^^