Exacto, hay dos pines que se utilizan para alimentar el ventilador, el tercero se utiliza para que el ordenador detecte las revoluciones a las que gira y el cuarto se utiliza para el PWM.
Así que mientras que el normal de tres pines varía la velocidad en función del voltaje que le mete al ventilador, el de pwm varía las revoluciones introduciendo pulsos de diferentes longitud (en función de la velocidad requerida) manteniendo el mismo voltaje.
Esto es útil por ejemplo para bajas revoluciones, ya que hay un mínimo de voltaje con el que el ventilador ya no gira, por lo tanto con el pwm al mantener el voltaje (el máximo siempre que es 12V) puedes conseguir hacerlo funcionar a la velocidad que te de la gana sin esa limitación mínima.
Es una explicación rápida y mala, pero creo que la idea del concepto se entiende.
