Antes de todo, decir que puedes unir (ojo, unir, no incrustar) un vídeo cualquiera con unos subtítulos cualquiera en un solo archivo metiéndolo todo en un MKV. ¿Qué tiene de bueno esto? Que como el formato MKV es un contenedor, no requiere reconvertir el vídeo, con lo que el proceso es muy rápido. Para este fin usa MKVMerge.
No obstante, como por el motivo que sea no es la solución que buscas, y quieres explícitamente incrustar los subtítulos, yo te recomiendo Virtualdub, usando el filtro "subtitler" creo que se llamaba. Eso sí, piensa que el incrustar unos subtítulos es mucho más complejo y largo porque requiere codificar todo el vídeo de nuevo.
pero agradecería recomendaciones.
Aprovecho este hilo para preguntar, cuál es el filtro que permite de un video hacer, descomprimirlo en varias capturas? (virtualdub). 