Pues en Navarra hay que pagar el IAE (Impuesto de Actividades Económicas), y se hace en el ayuntamiento de la localidad donde esté ubicado el negocio o la residencia del autónomo. Eso y darse de alta en la seguridad social.
Y luego declaraciones trimestrales de IVA, que eso sí hay que hacerlo en hacienda... pero lógicamente una vez que ya has comenzado la actividad y tienes ingresos. No sé cómo irá en otras partes, ya que tenemos hacienda propia, pero juraría que el IAE es en todo el estado.