Básicamente, cuando lees el correo IMAP lo mantiene en el servidor y POP3, cuando lo descargas lo borra del sevidor y deja una copia local. Yo, que leo el correo en diferentes entornos (trabajo, casa, móvil) lo configuro como IMAP para tenerlo disponible en todos ellos. Cuando lo lees o lo borras sí que refleja el estado.
Saludos.