No se cual es la mejor, pero ten en cuenta que el chipset es el mismo en todas... por lo que todas van a llevar controladora SATA2 de intel, los SATA3 que incorpore seran controladoras externas, y no, no existe con PCIe 3.0 porque el PCIe es cosa de la CPU(en la actualidad), los unicos con PCIe 3.0 son los procesadores Ivy Brigde de intel que estan por caer, de todas formas no es relevante realmente.
Supongo que preguntas por placa socket 1366 porque tienes una CPU de ese socket ya, sino, o si puedes vender bien esa CPU, lo mejor sin duda es irse al socket 1155 o el 2011 segun tu uso y prosupuesto.
Por lo demas, que una placa socket 1366 sea "mejor o peor", depende de sus extras, al llevar todos el mismo chipset, osea mirar si quieres que lleve mejor tarjeta de sonido(aunque quizas sea mejor una dedicada si quieres una buena), puertos, posición de los puertos PCIe/PCI segun tus necesidades... diseño/aspecto........