Yo uso Ghost en el curro.
Cuando creas la imagen te da varias opciones de compresión con lo que la imagen puede ocupar esos 90GB o la mitad.
Te explico como harías de dos modos:
Modo1:
1- Creas imagen de HD-A y la guardas en HD-B
2- Cargas imagen guardada en HD-B a HD-C
Modo2:
1- Clonas directamente de HD-A a HD-C
Ten en cuenta que los datos de HD-C desapareceran hagas el paso que hagas.
No importa el tamaño de los discos siempre y cuando los datos de uno no superen la capacidad del otro.
Espero te sirva de ayuda.