Ya lo he arreglado.
Para el theme tuve que modificar el explorerframe.dll y unos archivos mas, asi que si alguien le pasa alguna vez algo parecido.
en símbolo del sistema, ejecutar:
sfc /SCANNOW
windows verifica y repara los archivos dañados/corruptos/etc.. del explorer. Reinicias y listo, todo como nuevo