El ventilador del disipador "sopla" al disipador para enfriar el procesador. Si hay otro ventilador cerca, seria bueno que éste le mande aire al del disipador, para que exista un buen flujo de aire.
Si puedes elegir la forma de como colocarlo y solo tiene un ventilador en la caja, lo suyo seria como el B o C. Por que el aire tiene que salir de la caja por algun sitio. Si tienes varios ventiladores en al caja ya puedes plantearte como seria mejor.
Pero ten en cuenta que el ventilador de el disipador echa aire al disipador, y por el otro lado sale el aire caliente.
