En cuanto a pendrives, creo que si hay, ya respecto a HDDs externos y demas, no lo se, no recuerdo haber visto, pero claro, estas cosas no suelen ser una característica de las unidades baratas, sino ya mas especificas y de mayor coste.
A nivel de "software", puedes usar los permisos que te den el formato usado, como el NTFS o los formatos de linux, creo que te permiten asignar unos permisos que quedan incrustados en la misma estructura del formato del HDD, de forma que en cualquier PC se aplican, quizas sea una opcion, aunque al menos los del NTFS de windows no es muy dificil saltarlos que digamos, de linux no se, pero igual no te sirve porque no puedas leer una particion ext3/4 en windows...