¿A qué te refieres con "conector RAID"?
Si quieres decir los conectores de la placa base que están marcados para montar un RAID (es lo único que se me ocurre), puedes usarlos sin problema. La única diferencia que puede haber es que esos conectores están manejados por otra controladora o son los únicos que pueden montar el RAID, pero siguen siendo conectores normales y corrientes y son tratados igual que el resto si no vas a montar RAID.
(que cuesta mucha pasta).