Para usar un puerto PCI Express 3.0 tendrás que esperarte unos añitos. Aunque las gráficas nuevas vayan a venir en 3.0, es puro marketing. Solo te digo que ahora mismo no se usa al 100% el ancho de banda del PCI Express 2.0. Solamente podría llegar a un tope en el caso de usar 2, o 3 gráficas potentes a la vez.
Por lo demás, tengo entendido que son iguales. Si vale un par de euros más, pues si quieres, cógela Gen3, pero ya digo que no lo vas a aprovechar. Ninguna gráfica necesita PCI 3.0 aun. No hay datos pa tanto puerto. Algo parecido pasa con los puertos SATA y los discos duros mecánicos. Entre SATA 2 y 3 no hay diferencia alguna, porque ningún disco duro colapsa el SATA 2 ni por supuesto el 3.
Son cosas de marketing para que los consumidores nos sintamos desfasados y queramos renovar una placa que está prácticamente a la última.