Quizá el problema sea de Java, Jdownloader funciona bajo Java, por que a mi Jdownloader bajo Linux 64bit me esta consumiendo menos de 200mb de ram ahora mismo, de 200mb a tus casi 4gb consumidos de ram ya me dirás.
Y el HD es normal que te lo puntué bajo, es un disco duro normalucho (pillará entre 40 y 80mb/s), y ahora hay HDs SSD que leen a 500mb/s (perfectamente 8 o 10 veces mas rápido que el tuyo, y con retardo cero al buscar datos, ya que no son mecánicos, son memorias, pero el precio es muy elevado y no son de muchos gigas), leen casi el tamaño de un CD en 1sg.