No conozco eso casos que comentas, ya que soy nuevo en el foro, pero he tenido una P4 2,4 con una Radeon HD2600 Pro AGP y podía decodificar sin problemas, lo mismo con la patata de VIA C7 y la 8400GS PCI con la que probé también estos temas, que además me funcionaba la aceleración perfectamente en Ubuntu con XBMC y VDPAU. Para Linux a ser posible siempre mejor Nvidia.
De todas formas no seré yo quien convenza a nadie de hacer una u otra cosa, ya que liarse con un HTPC solo se lo recomiendo a quien disfrute trasteando, porque problemas te encontrarás casi seguro. Para no complicarte mejor un disco duro multimedia, aunque no estoy puesto en modelos que permitan grabar TDT.