Con el usb insertado:
-Boton derecho encima del equipo.
-Administrar.
-Administrador de discos.
-Boton derecho sobre el pendrive.
-Propiedades.
-Pestaña Hardware.
-Propiedades.
-Pestaña Directivas.
-Estara seleccionado extraccion rapida.
-Selecciona Mejor rendimiento.
-Aceptar
-Ahora pulsamos boton derecho sobre el pen drive.
-Formatear.
-Veras que ahora si aparece la opcion de formatear en NTFS.
Recuerda extraer el pendrive SIEMPRE en modo seguro.
Esto esta explicado sobre win 7, en win xp, creo que es similar.
Un saludo.