Lo que llamas tu FORMATO se refiere mas a "relacion de aspecto" y en nada tiene que ver con el formato de video usado aunque si puede ser que esten en conflicto las opciones del codec que estas usando contra las características de salida de tu proyecto, es decir, el codec puede estar configurado en relacion de aspecto 4:3 o 1.33:1 mientras tu configuras Pinnacle Studio a que de salida a 16:9 o 1.78:1, lo cual es un conflicto y predomina la configuracion del codec rsultando un video con relacion de aspecto 1.33:1.
Ahora no todo esta perdido pues dependiendo del formato de video [mpeg-1 o mpeg-2, MPEG-4 divx o mpeg-4 h.264] y del contenedor elegido [MPG, AVI, MKV o MP4] se puede modificar la Relacion en pantalla, es decir la relacion con la que se va a reproducir en pantalla el video. A eso se le llama VIDEO ANAMORFICO.
Por ejemplo, seguro has visto que los discos DVD-Video comerciales tienen una dimensión de 720x576pixeles que corresponde a relacion de aspecto 5:4 y sin embargo la caja indica que el video es anamorfico 16:9 [1.78:1] o 22:9 [2.35:1] y cuando lo reproduces efectivamente es video anamorfico, esto se logra indicando la relacion de pantalla que no es mas que indicar en el contenedor [AVI, MPG, MKV, MP4, FLV, OGM, etc.] la dimension en que se debe de mostrar el video cuando se reproduzca siendo el reproductor encargado de escalar la imagen hasta llenar esa relacion, de esta manera un video codificado con relacion de aspecto 5:4 [720x576pixeles] se muestra como un video de 1016x576piexeles [relacion en pantalla 16:9].
De esta manera no se requiere recodificar el video sino solo indicar en el contenedor la relacion con la que se debe de mostrar el video al reproducirse.