Si la controladora SATA funciona bien, no tienes por qué tener ningún problema. El único que te puede surgir es que te pete un HDD (que a todos le pasa antes o después) y entonces pierdas toda la información que tengas guardada.
Si lo haces duplicarás las velocidades de lectura/escritura.
Y los discos duros mecánicos SATAII y SATAIII tienen el mismo rendimiento porque nunca van a alcanzar el ancho de banda que ofrece.
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