El Nds backup tool tiene una opción para borrar el contenido de los saves. Yo lo hago siempre, me creo la ROM para metersela al flash, y ya de paso borro todos los saves. No hace falta sacar el save, empezar una partida ni nada de eso. Existe la opción de borrar memoria, con lo que te lo deja limpico limpico.
Por ejemplo, el Final Fantasy 4, cuando lo haces, te vuelve a preguntar idioma... vamos, que no dejar rastro. De la misma forma, puedes usar un SAV del emulador (o del flash) y volverlo a meter en el cartucho original.
Un saludo.
. Si tienes problema con alguno en especial porque no encuentres la opción de borrar las partidas guardadas, ponlo por aquí para que alguien te guíe, pero vamos... a poco que trastees con los menús de los juegos darás con las opciones para ello. 
