Pues...Yo para todo lo que sea algo asi ,recomendaria (acabo de decirlo en otro post, xD) un live CD de ubuntu, o alguna otra distribucion de linux, que siempre esta bien tener uno a mano.
No se como es la herramienta para formateo de discos de Windows... Para empezar, por que formateas el SATA desde el CD de windows? Desde el propio explorador de windows puedes ir al disco duro, darle a boton derecho encima del disco duro que quieres formatear, y pulsar en formatear, y listo...
Si quisieras formatear el del SO imagino que no podrias hacerlo asi ,pero siendo el de datos no deberia darte problema alguno. Igual el lio con el CD viene en que ese se usa solo para lo que no se puede hacer desde el propio windows, y por eso solo te permite hacerlo donde esta el SO (Que es donde no puedes desde dentro del SO)
