Yo lo particione con Magic Particion y me funciono bien pero despues lei en foros y demas que no recomendaban este programa porque causaba muchos errores. Pero yo no he tenido ningun problema.
Tengo dos particiones, una particion es de 200 gigas en NTFS y la otra con el resto de gigas en FAT32, unos doscientos y pico.
Y la tasa de transferencia que tengo no se cual es, nunca lo he mirado, pero me tarda lo que te he dicho antes, unos 5gb/5mintuos, mas o menos y unos 20 gigas en 20 minutos. 1gb/minuto. El backup mas grande que tengo es el del killzone 3 de unos 21 gigas mas o menos, no me acuerdo exactamente y me tardo eso, unos 20/25 minutos.
Lo hice con multiman y boton circulo. 
Lo que te pasa a ti es muy raro, no sera el cable del usb no? lo has provado con el PC o con otra ps3? cuanto te tarda? a ver si el cable es defectuoso o es un cable 1.0, yo una vez confundi un cable mini-usb de un cargador mp3, de esos que se conectan a un enchufe para cargar el mp3, y lo puse para cargar un mando de la ps3 y no me cargaba el mando, creia que se me habia jodido, hasta que me di cuenta que en el cargador del mp3 me faltaba el cable y en el cajon del mando de la ps3 tenia dos cables.
No se, es otra explicacion, sino prueba a formatear todo el disco duro en NTFS (Multiman lo reconoce) y a ver a que velocidad te va. Tambien puedes probar a hacerle un scandisck o un defrag para corregir errores de calculo. 
Si tiene mucho trabajo a sus espaldas sin hacerle limpiezas de vez en cuando tambien se ralentizan, por el tema del indexado de archivos, ya sabes, en lugar de tener todos los archivos juntos estan desperdigados por toda la superficie del disco duro y poco a poco se va ralentizando la busqueda de archivos, con un defrag o scandisck se suele solucionar este tipo de problemas.
Por la capacidad de tu disco duro tiene que tener ya varios años no? y supongo que llevara mucho copiado y pegado de archivos no? prueba esta solucion a ver que tal. 
Eso si, ten paciencia que puede durar horas. Yo dos veces al año suelo limpiar el disco duro del PC y el disco duro externo, lo pongo por la noche y lo dejo toda la noche que trabaje tranquilamente, con un programa de apagado automatico del pc le digo que apague el ordenador cuando la tasa de procesado este en 1 durante 5 minutos seguidos, y asi se apaga solo el PC cuando acaba el proceso.