La solución más evidente (al menos para mi) es transformar tu fichero CSV (presupongo que delimitado por comas o similar) en un script que genere INSERTS, algo tal que:
Archivo CSV:
datocolumna2, datocolumna3, datocolumna4
...
conversión a:
INSERT INTO TABLA (nombrecolumna2, nombrecolumna4) VALUES(datocolumna2, datocolumna4)
...
Así para cada línea/tupla
He comenzado en columna2, por aclarar que columna1 es autonumérica y no hace falta especificarla y me he saltado columna3 porque dices que no quieres todos los campos, o eso dices). Personalmente usaría expresiones regulares y evidentemente no puedo darte la solución mascada al problema ya que no conozco el entorno
