con el disk manager del fabricante del disco, en seagate, por ejemplo, es DiskWizard el diskmanager o el SeaTools, como sea, en el DiskManager viene una opcion que se llama "Formato a bajo nivel/low level format". Este es un formateo a nivel del hardware con lo que tienes un disco como venia de fabrica -Completamente vacio-.
El Formato a bajo nivel es la unica forma real en que borras todo y absolutamente todo lo que tuviera el disco duro. El disk manager lo puedes encontrar en versionj ara windows y en version independiente standalone, en donde bajas un archuivo imagen ISO que grabas en un CD virgen, este CD es de Arranque con lo que no requiere ningun sistema operativo instalado en el sistema, metes el CD y arrancara el diskmanager.
otra opcion es que bajes algun CD Live de Linux que tenga alguna herramienta para dar formato a bajo nivel desde linux