Yo para la edición de video suelo utilizar el programa Ulead Video Studio. Y si no me equivoco, en dicho programa puedes hacer lo que comentas.
No suelo hacer ediciones de video a menudo, es más, las hago muy pocas veces, pero para lo poco que hago, me ha ido muy bien este programa. Trastealo un poco que creo que puedes hacer lo que quieres.