Al ser simplemente datos, los almacenas en otro disco, y listos, el S.O. al montar Raid te dara problemas.
Para que te hagas una idea, Raid es el sistema de almacenamiento de datos, en tu caso, el raid que montaras, los datos se almacenaran en los dos discos, por ejemplo, si guardas o instalas un juego, lo mas posible es que te almacene la mitad de datos en un disco y la otra mitad en el otro, pero los archivos, seguiran siendo archivos.