Cuando pones discos en RAID la numeracion de los discos difiere.
el disco que antes era HDA ahroa es SDA, y el que era HDB es HDA
Por tanto cuando windows va a arrancar, se enceuntra que ya no es el disco principal.
esto ocurre si antes tenias el widnwos en el disco principal y ahora secundario o viceversa
También peude deberse a que hayas tocado la BIOS para el RAID y ahora tus discos duros los cargue otro controlador con lo que por mucho que no montes el RAID en ellos, ya te daría problemas.
Yo de tí pond´riam i BIOS en condiciones, me aclararía del chipset del controlador para ver como funciona, y empezaria a formatear y reisntalar
si mas adelante haces RAID con el secundario de 250, ya no afectará
