Siempre que tocas particiones tienes la posibilidad de que se te fastidie la tabla de particiones del disco duro. Pero por poder, si que puedes hacerlo y no debería de pasar nada.
De todas formas no te recomiendo que utilices ese programa ya que es bastante antiguo. Hay muchas alternativas, de las cuales algunas son libres. Yo te recomendaría EASEUS Partition Master, tiene una versión libre. Lo llevo usando desde hace algún tiempo y hasta ahora no me ha dado ningún problema, cosa que no puedo decir del Partition Magic.
Un saludo.