Es lo que tú estás diciendo. Tienes que separar los "colores" y luego pasarlos a color negro para hacer las pantallas (podrian ser placas, claro, pero ya casi no se usan para camisetas. Además eso importa poco y es cuestión de donde lo serigrafies). Pongamos por ejemplo tu avatar, que fuera a 2 colores planos:
Marco y calavera a 1 color y el relleno blanco a otro color. Recuerda tambien que el diseño debes hacerlo en negativo.
Pues es lo que dices, separas capas y todas en negro. Lo que se suele es hacer como unos circulitos/guias (parecidos a "puntos de mira") siguiendo un recuadro imaginario para luego centrar el dibujo. Alejalos del dibujo, para que luego a la hora de hacer las pantallas se puedan tapar. Date cuenta que cada color será una pantalla distinta y deben estar todos a la misma altura. Tu, en fotolito, lo veras todo negro, pero vaya, que eso luego no es así, claro
Lo raro es que la tienda tenga un pulpo/margarita y no se haga ella las pantallas o sepa como has de hacerlas, pero bueno, hay gente para todo. Lo del color del pantone es en arreglo al color que tu diseñes, pero luego tambien del que ella tenga. De nada sirve que tú le des una referencia si ella luego trabaja con otra (y no pide la que tú le das).
Lo más fácil es que le preguntes a la tienda quién le hace las pantallas y hables con ellos, para ver cómo las tienes que hacer, o quieren que las hagas. Aunque si no vas a usar tramas, no creo que tengas más complicacón que hacerlo en negro. Pero no está de más que les preguntes, porque por ejemplo los fotolitos para tampografia estoy 100% seguro que han de ir en "espejo", pero me queda la duda de las de serigrafia, que no sé si dá igual o no.
El consejo que te han dado de las tallas tenlo en cuenta.
Saludos