Puedes probar con el SyncBackSE que tiene version gratuita y va de perlas para sincronizar carpetas, hacer backups y demases.
La ventaja de usar dropbox es que no necesitas que ambos PCs esten encendidos para que esten sincronizados y a la vez puedes acceder a los archivos desde la web, android, iphone etc. Yo lo uso para cositas pequeñas, para lo demas, SyncBack + servidor en red (para no tener ambos pcs encendidos)