No entiendo mucho, pero parece que el tema de los logonscripts no funciona bien en los linux no?
Quiero decir, que cuando haces login en un linux con un usuario del dominio, después de validarte debería ejecutar un logoscript. Normalmente se lo indicas tú. Otra cosa sería comprobar si tiene permisos para acceder a donde estám alojados los logonscripts.
Saludos