Has probado por ftp de nuevo? A mi me pasó lo de los permisos, pero más tarde de la misma forma que no me dejaba, luego sí. También resultaba curioso que según que archivos no y otros si. Lo digo porque si te funciona de la xbox para el pc, puedes guardar la carpeta Userdata (contiene la información vital del xbmc) Prueba también a usar el biohazard y en la sección ...todas/programas/xbmc, instalas el xbmc en E. Es una versión más moderna que el 8.1, concretamente el T3CH XBMC 2009-06-01 9.04.1-FIXED-Babylon. Después puedes pasar el Userdata al nuevo xbmc, compruebas que funciona como quieres y borrar el anterior xbmc. Funciona de lujo.
Uso el flashxp para pasar los archivos, por inalámbrico me dio esos problemas (parecidos a los que comentas al principio del hilo) en cambio por cable directo no.
Espero haberte ayudado en algo.Saludos