Si lo orientas hacia arriba, los heatpipes parece que estan mejor alineados y disipan un poco mejor y si tienes un buen ventilador arriba extrayendo puede ser buena opcion... A tener en cuenta tambien, que depende de los ventiladores que tengas, sufriran y se desgastaran mas en horizontal que en vertical... Si tienes un buen ventilador metiendo aire en el frontal, puede ser tambien buena opcion ponerlo en horizontal, ya que le llegara aire fresco del frontal... Lo pongas como lo pongas, vas a tener temperaturas similares asi que puedes probar a ver lo que te funciona mejor...
Un saludo