Creo que lo que tu quieres hacer es usar un disco duro físico en una máquina virtual ¿no?. De tal manera que en lugar de tener un macro archivo con todo el disco duro virtual dentro, tienes la instalación del SO en un disco duro como si de una máquina normal se tratara. Es eso ¿no?.
El VMWare lo puede hacer. De hecho, en alguna ocasión lo he hecho. En el caso del VMWare, te recomiendan que cuando esté la máquina virtual en funcionamiento, no intentes acceder al disco duro simultáneamente con la máquina principal pues puedes perder todos los datos en el disco...
Eso si, la instalación del SO en el otro disco duro debe ser ex-proceso para la máquina virtual. Sino, el SO empezará a buscar hardware, que si esto no funciona, que si BSOD, etc etc...
PD: He intentado explicarme todo lo bien que he podido