El formato Completo te comprueba todos los sectores del disco duro, para buscar errores o sectores defectuosos, y además borra todo el contenido del disco. Como podrás suponer, tarda bastante y aumenta en función del tamaño del disco. A la larga, mejora el rendimiento pues compruebas el estado del disco y marca los sectores erroneos (si los hubiera)
El formato rápido sólo elimina los archivos borrando la tabla de asignación de archivos, que es una pequeñísima porción del disco duro. Evidentemente dura un puñao de segundos. Aunque
Tanto uno como el otro borran el contenido del disco duro, incluyendo documentos, sistemas operativos, programas y virus (cucarachas); así que ambos te valen. Ahora si llevas mucho tiempo funcionando con el disco duro, te recomiendo el Completo, así compruebas su estado.